不叻士南海宫早期是一间简陋亚答屋，供奉一个木头和一张水尾娘娘图像，在1939年由当时林茂闻人甲必丹李垂呠，林尊雅及多位不叻士闻人重建该宫，庙地迁至现址，即不叻士培华小学前的空地上。

在30年代，改宫乱童“阿卓哥”因屡次医好当地居民的奇难杂症而远近驰名，并流传一段“一庙能顶三家中药店”的传奇故事，时至今日，问起不叻士老街坊，依然津津乐道。

该宫在前任(2010年)及现任理事会的合作与配合下，硬体设备获得提升，而且，在推动中华文化方面更是积极，每年联合不叻士华团组织举办新春灯会，以及颁发日常用品给低收入者及举办施赠贫老。

当地华小举办任何活动时，该庙都是赞助团体之一，而且在2003年更捐出3万令吉给培华华小重建新校舍。

该庙在多年来申请注册，终于在2012年10月获得社团注册局批准，成为一间合法神庙。